남동공단의 사무공간은 대부분 공장 건물에 딸린 부속동 형태로 지어져 일반 상업지구 오피스와는 구조가 다르다. 현장 관리자와 사무직이 함께 쓰는 경우가 많아 파티션, 바닥재, 배선 등이 실사용 목적에 맞춰 변형된 채로 남아 있는 경우가 흔하다.
업체가 이전하거나 폐업할 때 임대차 계약에 따라 이러한 변형 부분을 철거하고 원래 상태로 되돌려야 하는데, 단순 사무실 철거와 달리 공장 동선과 연결된 구조를 함께 고려해야 한다. 출입구나 하역장과 인접한 사무동은 철거 순서와 자재 반출 계획도 별도로 세워야 한다.
또한 남동공단은 건물마다 관리 주체가 공단관리공단인 경우와 개별 건물주인 경우로 나뉘어 있어, 복구 승인 절차와 요구 조건이 현장마다 다르게 적용된다. 작업 전 관리 주체를 확인하고 그에 맞는 서류와 절차를 준비하는 것이 필수적이다.